• Το Τμήμα των Μηχανολόγων Μηχανικών συνδιοργανώνει δύο διατμηματικά προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών τα οποία υπηρετούν σύγχρονες επιστημονικές και τεχνολογικές τάσεις: «Ενεργειακά Συστήματα» και «Προηγμένα Συστήματα Παραγωγής, Αυτοματισμού και Ρομποτικής».
  
• Επίσης, το Τμήμα απονέμει και Διδακτορικό Τίτλο σπουδών. Οι Διδακτορικές σπουδές του Τμήματος Μηχανολόγων Μηχανικών του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου αποσκοπούν στην προαγωγή της πρωτότυπης επιστημονικής έρευνας και οδηγούν στην απόκτηση Διδακτορικού Διπλώματος.
  
• Το Διδακτορικό Δίπλωμα αποτελεί ακαδημαϊκό τίτλο, ο οποίος πιστοποιεί την εκπόνηση πρωτότυπης επιστημονικής έρευνας και την ουσιαστική συνεισφορά του/της κατόχου του στην εξέλιξη της γνώσης στον αντίστοιχο επιστημονικό κλάδο.